¿Por qué las Administraciones de ámbito regional en España han dado respuesta a las obligaciones o recomendaciones de la Unión Europea (UE) de modo distinto y con diferentes efectos en la ejecución y el éxito de los fondos de la Unión en sus territorios? Al mismo tiempo, desde el año 2007, ¿la implementación de fondos europeos ha tenido impacto en la modernización de las burocracias autonómicas? En este sentido, ¿qué factores contextuales pueden bloquear la agenda de reformas de estas organizaciones públicas? Esta contribución analiza estas y otras cuestiones de interés relacionadas con la senda de cambios en las Administraciones regionales vinculados al presupuesto de la Unión. Para ello, emplea datos propios producidos a través de cuestionarios cumplimentados por profesionales de las distintas organizaciones públicas autonómicas con amplia experiencia en materia de gestión de fondos europeos. Pone el foco, entre otros aspectos, en las relaciones, en sentido horizontal, entre departamentos de diferentes Administraciones regionales, así como verticales, entre estas organizaciones de ámbito autonómico y otras nacionales y supranacionales, en relación con la ejecución de inversiones de la Unión, de acuerdo con las asunciones del modelo de la gobernanza multinivel.