En este trabajo se analiza la relación apenas inexplorada de las agencias de la Unión Europea (AUEs) y el Parlamento Europeo. Considerado como un agenda-setter condicionado en la Unión Europea (Tsebelis, 1994), en las últimas décadas el Parlamento Europeo ha ampliado sus poderes especialmente mediante el procedimiento de co-decisión introducido en el Tratado de Maastricht (1992). La pregunta de esta investigación es cómo y en qué medida en el marco de este nuevo "procedimiento legislativo ordinario" ha aumentado la potencia y la capacidad del Parlamento Europeo para ser influyente en el establecimiento de la agenda en el proceso de agencificación de la UE. Por un lado, el aumento de los poderes del Parlamento Europeo ha llevado a una situación en la que el Parlamento cuenta con más capacidad de garantizar que las agencias son controladas y rinden cuentas. Por el otro, el Parlamento Europeo está dispuesto a otorgar mayores poderes a estos organismos no-mayoritarios, siempre y cuando mantenga la posibilidad de proyectar sus legitimation-beliefs y requisitos en el diseño institucional de las AUEs. Con una metodología basada en el análisis documental, este trabajo ofrece un análisis sistemático de las condiciones que el Parlamento Europeo establece a través de modificaciones legislativas acerca del nivel y forma adecuados de control público, legitimación y protección de los derechos en la creación de nuevas agencias a nivel europeo.