Este trabajo propone una reflexión sobre los límites de las nociones tradicionales de seguridad y soberanía en la Ciencia Política y las Relaciones Internacionales a partir del análisis de territorios indígenas en la Amazonía. Con foco en el Alto Río Negro y el Vale do Javari, se examina cómo estas regiones fronterizas se configuran como espacios de disputa no solo territorial, sino también sobre el significado de la seguridad y los actores legítimos para ejercerla. Mientras la racionalidad estatal asocia la seguridad al control territorial y la defensa de la soberanía nacional, las concepciones indígenas la entienden como cuidado del territorio y reproducción de la vida colectiva. En este contexto, las comunidades indígenas enfrentan una doble amenaza derivada de la expansión de economías ilícitas y de la securitización estatal de sus territorios. En diálogo con los Estudios de Seguridad Internacional, el trabajo problematiza la producción de amenazas y cuestiona el monopolio estatal sobre la definición de seguridad. A partir de una metodología cualitativa, se analizan los casos de la FOIRN y la UNIVAJA, destacando sus prácticas diplomáticas y sistemas de vigilancia territorial. Se sugiere que estas iniciativas reconfiguran las escalas de la seguridad y posicionan a los pueblos indígenas como actores políticos.